Tales of Hearts R repose sur l'histoire de Kor Meteor, un jeune homme courageux qui vit dans un petit village en bord de mer et qui affûte ses talents pour le combat sous l'œil bienveillant de son grand-père. Impressionné devant l'inépuisable potentiel de Kor, son grand-père lui fait don d'une arme extraordinaire : un Soma. Les utilisateurs de Soma possèdent un Spiria d'une puissance exceptionnelle ; le Spiria est l'origine de toute vie, la source où les êtres humains puisent leur volonté.
Armé de son Soma, Kor a tôt fait de rencontrer une certaine Kohaku Hearts, une jeune femme frappée d'un sort lancé par une mystérieuse sorcière. Kor s'efforce de briser le sortilège, mais il ne parvient qu'à disperser le Spiria de Kohaku, la source de toutes ses émotions. Kor part alors en quête pour reconstituer le Spiria de Kohaku.